如果細分土地開發可以劃分若干，比如根據開發主體分為土地一級開發、二級開發；根據開發目標用途，分為農業用地開發、建設用地開發等，總之土地開發是一個非常寬泛的概念。本文所要討論的土地開發，是指單位承受政府出讓的土地使用權，開發后有償轉讓所涉及的稅務問題。它既不屬于一級開發，也不像是二級開發，但是確實存在，并有很多關鍵稅務問題需要討論。

根據現行法規，政府出讓土地使用權一般通過公開競價方式取得，同時由于政府壟斷土地一級市場，按規定出讓土地都是經過開發已經具備建設條件的“熟地”，但是實踐中政府“毛地”出讓確實也不少見，并且“毛地”出讓的情況一般也都是協議出讓方式，比如國土資源部關于印發《關于深入推進城鎮低效用地再開發的指導意見（試行）》的通知（國土資發〔2016〕147號）第三條“完善激勵機制”明確，鼓勵原國有土地使用權人進行改造開發。具體包括：在符合規劃的前提下，原國有土地使用權人可通過自主、聯營、入股、轉讓等多種方式對其使用的國有建設用地進行改造開發；改造開發土地需辦理有償使用手續，符合協議出讓條件的，可依法采取協議方式。

另外，《國務院辦公廳關于推進城區老工業區搬遷改造的指導意見》（國辦發〔2014〕9號）明確對城區老工業區搬遷改造給予土地政策支持，具體支持措施包括：根據城區老工業區發展定位和功能分區，適度進行商品房開發；對因搬遷改造被收回原國有土地使用權的企業，經批準可采取協議出讓方式，按土地使用標準為其安排同類用途用地。改造利用老廠區老廠房發展符合規劃的服務業，涉及原劃撥土地使用權轉讓或改變用途的，經批準可采取協議出讓方式供地。

當然，根據《協議出讓國有土地使用權規定》（國土資源部令第21號）的規定，除依照法律、法規和規章規定的應采用招標、拍賣或掛牌方式外出讓土地以外的，可以采用協議方式。換句話說，協議出讓土地并不是僅僅指上述規定限定的情況。

從現行規定來看，競價出讓是原則，協議出讓是例外。之所以把協議出讓作為例外予以限制，是因為其價格不是市場競爭形成，而是政府和取得土地的單位在一定幅度內協商確定的，如上述國土資源部21號令規定，以協議方式出讓國有土地使用權的出讓金不得低于按國家規定所確定的最低價，而協議出讓最低價不得低于新增建設用地的土地有償使用費、征地（拆遷）補償費用以及按照國家規定應當繳納的有關稅費之和；有基準地價的地區，協議出讓最低價不得低于出讓地塊所在級別基準地價的70％。同時還強調低于最低價時國有土地使用權不得出讓。

協議出讓土地使用權必須符合一定條件，也就是受到一定限制。其實質在于交易價格需要考慮各種因素，通過協商確定，低于市場轉讓價格，同時出讓土地面積大。比如老工業城改造搬遷、低效能用地開發等。在這些特殊情況下，政府通過協議出讓方式出讓給原土地使用權所有者，變更土地使用權性質（以下簡稱“變性”），這樣既免除了政府收儲土地的巨額補償支出，又實現了以土地變性增值對企業的開發及搬遷補償，應該說是一個多贏高效的方式，有著極其重要的存在價值。

土地使用權作為一個資源，如果不能增值變現，那么對其所有者也是沒用，當然也就發揮不了它應有的效能，所以通過協議出讓的土地還是要通過進一步的開發、轉讓才能實現其價值。一般情況下有兩種做法，一是進行土地開發，然后轉讓；二是進行土地開發，然后轉移給所屬項目公司，開發商品房銷售變現，這兩種方式雖然開發程度不同，但是實質是一樣的。具體分析如下：

（一）土地開發并轉讓開發土地

一般情況下，原土地使用權人基于特殊原因，按規定協議受讓變性后的原土地，土地用途雖然變了，但是土地的現狀與變性后的土地用途還存在非常大的差距，比如為工業用地的，原地上車間、供熱、污水治理等設施設備林立，不會因為變為商業開發用地而銷聲匿跡，也不會因變性就會自動“三通一平”。這就需要變性后的所有人進行拆除、治理、平整，要從工業用地的現狀開發為變更用途以后的可開發狀態，貌似是土地一級開發，但是由于開發主體是協議受讓土地使用權的企業單位，不符合一級開發的主體，因此不是嚴格意義上的土地一級開發，只能籠統地稱之為“土地開發”。土地開發可能由土地所有人實施，也可能由專業的企業單位施工，比如土地污染治理，建筑物、構筑物爆破等，總之肯定會發生一定的投入。其產出就是達到規定用途的“凈地”，我們稱之為開發土地，下一步開發建設在開發土地的基礎上開始，相對于規定用途，開發土地是完工產品，正如政府招、拍、掛出讓土地一樣。但是對后續開發而言，它又是“原材料”。

常言道術業有專攻，協議受讓土地經過上述進行開發，如果有人出價超過自行開發所獲利益，或者急于變現無奈之下，都可能將開發完工的土地權益轉讓。因此，協議受讓土地使用權的企業轉讓其開發完成的土地也就在所難免。

（二）自行開發商品房

承受政府協議出讓土地使用權，經過土地開發有可能直接轉讓開發土地，也有可能在開發土地上建造商品房出售，我們將在變性開發土地上繼續開發建造商品房，稱之為自行開發商品房。自行開發商品房開發主體有兩種選擇，一是土地使用權人自行開發，即開發項目由協議出讓土地使用權時的企業立項、規劃、建設、銷售，成為原企業開發；二是由其所屬專業的全資子公司或者新設立的項目公司為主體開發。

從兩種開發不同主體來看，原企業絕對不是以房地產開發為“專業”的企業，可能是“專業”的鋼鐵、水泥、剝離、裝備制造等，增加房地產開發，實話說是隔行如隔山，同時也屬于不同的生態環境。因此，一般都會選擇全資子公司或者新設項目公司開發建設，這樣專業機構干專業的事，便于組建專業團隊，專業化分工，又有利于業績考核。但是存在的問題是需要土地權屬變更，也就是要從土地使用權協議出讓變性并進行土地開發的主體名下變更到商品房開發企業的名下，稅法一般不認為母子公司屬于一個主體（特殊情況除外），應分別承擔納稅人的責任。變更方式也有兩種選擇：一是轉讓，二是投資，包括追加或者初始投資，可以是按賬面實際成本價（劃轉）也可以是公允價。

上面連篇累牘不厭其煩地說了那么多，無非是想說明轉讓開發的土地交易行為合理并且必要。所謂合理，是指它的存在符合正當的商業利益；所謂的必要，是指如果禁止，則會為資源的流動設置制度性的障礙，降低我國有限土地資源的利用效果。那么這樣合理、必要的商業行為是否存在稅收的障礙呢？

首先，我們看增值稅。對轉讓土地使用權征收增值稅，應該是天經地義，轉讓開發的房屋、土地使用權征收增值稅當然也沒有啥問題，但是計稅方法大相徑庭。因為轉讓開發的房產，計稅收入可以減除出讓土地繳納的地價款和拆遷補償（以下簡稱扣額），而轉讓開發的土地使用權沒有規定能否扣除，也就是說不一定可以扣額了。但是從交易類型上看，都是基于取得土地使用權的開發，都支付了地價款——土地出讓金，都對取得的土地進行了開發，不同的僅僅是程度不同，一個開發成了房屋，一個開發成了可以開發房屋的土地，但是其屬性是一樣的，理應一致對待，否則很難說稅制是公平的。我們知道，增值稅應納稅額計算方法如下：

應繳納的增值稅=應稅收入*適用稅率-進項稅額

可見，在進項稅一定的情況下，納稅額的多少取決于應稅收入的多少?！稜I業稅改征增值稅試點有關事項的規定》規定，房地產開發企業中的一般納稅人銷售其開發的房地產項目，以取得的全部價款和價外費用，扣除受讓土地時向政府部門支付的土地價款后的余額為銷售額。簡單說就是，房地產開發企業銷售房地產項目，應稅收入可以扣減土地出讓金。據此，國家稅務總局下發了《房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅征收管理暫行辦法》的公告（2016年第18號公告）明確，房地產開發企業中的一般納稅人銷售自行開發的房地產項目，銷售額的計算公式如下：

銷售額=（全部價款和價外費用-當期允許扣除的土地價款）÷（1+9%）

當期允許扣除的土地價款=（當期銷售房地產項目建筑面積÷房地產項目可供銷售建筑面積）×支付的土地價款

意思很清楚，房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目，其中銷售房地產項目的面積分攤的土地價款及拆遷補償費可以扣減應稅銷售額。由于上述計算公式是房地產項目“可供銷售建筑面積”，自然把房地產開項目中的“地”排除在外，也就是這個扣額的規定只適用于房產開發，不適用于土地開發。前述土地開發轉讓應繳納的增值稅應稅收入由于不能扣除協議出讓繳納的出讓金（也稱為“地價款”），相對房地產項目銷售，土地開發在出讓金上又征收了增值稅，那么稅負自然高于房地產項目開發一大截。如果真是這樣，不得不說這是對土地開發轉讓的制度歧視，是制度設計的初衷還是失誤造成的結果，亦或是我們理解有誤就不得而知了。

其次，土地增值稅問題。主要涉及兩個問題，一是加計扣除，二是免稅優惠。

1.加計扣除問題。轉讓國有土地使用權、房屋建筑物和構筑物繳納土地增值稅，本應該沒有問題，但是在計算計稅依據增值額時還是有爭議。

土地增值稅的計稅依據是增值額，為銷售不動產取得的收入減去扣除項目后的差額，差額越大稅率也就越高。在應稅收入確定的情況下，增值額取決于扣除項目金額，《土地增值稅暫行條例》及實施細則規定，扣除項目金額包括以下五項之和：

1、取得土地使用權所支付的金額；稱之為地價款。

2、開發土地和新建房及配套設施的成本；稱之為開發成本。

3、開發土地和新建房及配套設施的費用；稱之為開發費用。

4、與轉讓房地產有關的稅金；稱之為稅費；

5、對從事房地產開發的納稅人可按上述1、2項規定計算的金額之和，加計20％的扣除，以下稱之為“加計扣除”。計算公式如下：

加計扣除金額=（地價款+開發成本）*20%

根據規定，開發土地轉讓應該可以適用加計扣除的規定，但是國家稅務總局早在1995年下發了一個《土地增值稅宣傳提綱》（國稅函發[1995]110號，以下簡稱“宣傳提綱”）對具體計算增值額時應注意什么進行了三個提示，第二個轉讓開發土地提示如下：

對取得土地使用權后投入資金，將生地變為熟地轉讓的，計算其增值額時，允許扣除取得土地使用權時支付的地價款、交納的有關費用和開發土地所需成本再加計開發成本的20%以及在轉讓環節繳納的稅金。

估計讀者看了上面的規定會有點暈，慢慢梳理會發現問題，加計扣除的基數被縮水了。

從條例細則規定，扣除項目包括5項，明確加計扣除的計算基數是地價款和開發成本。但是這個宣傳提綱在加計扣除計算基數上動了手腳，加計扣除的基數只有土地開發成本，悄悄地去掉了地價款，也就是把支付的出讓金拿掉了。

我們看根據上述提示梳理的扣除項目金額計算公式：

扣除項目金額=取得土地使用權時支付的地價款+交納的有關費用+開發土地所需成本+加計開發成本的20%+轉讓環節繳納的稅金

加計扣除的計算公式演變成為：

加計扣除金額=開發成本*20%，而不是（地價款+開發成本）*20%

到底應該怎么執行就成了問題。

上述宣傳提綱第一個轉讓開發土地提示如下：

對取得土地或房地產使用權后，未進行開發即轉讓的，計算其增值額時，只允許扣除取得土地使用權時支付的地價款、交納的有關費用，以及在轉讓環節繳納的稅金。這樣規定，其目的主要是抑制“炒”買“炒”賣地皮的行為。

意思很清楚，未進行開發就轉讓，不得加計扣除。這里問題是未進行開發，這個程度怎么確定？有投資，但不管投資多少都算開發還是投資強度達到一定程度算是開發。由此，要想執法風險低，只要將轉讓土地使用權都視為未開發，不得加計扣除。

2.免稅優惠。

如前所述，因城市建設規劃需要而整體搬遷，比如老工業城區搬遷改造，大都屬于政府主導的政策性搬遷，但是政府沒有能力按照《國有土地上房屋征收與補償條例》給予足夠的補償，因此大都通過行政方式，以擁有的土地處置權利，將土地變性增值作為搬遷補償。比如降低出讓金繳納標準、返還土地出讓金等方式補償?！锻恋卦鲋刀悤盒袟l例》第八條規定，因國家建設需要依法征用、收回的房地產免征土地增值稅?！锻恋卦鲋刀悤盒袟l例實施細則》進一步明確，條例第八條所稱的因國家建設需要依法征用、收回的房地產，是指因城市實施規劃、國家建設的需要而被政府批準征用的房產或收回的土地使用權。因城市實施規劃、國家建設的需要而搬遷，由納稅人自行轉讓“原房地產”的，比照本規定免征土地增值稅?？瓷先ニ坪醴浅９胶侠?，企業符合條件的搬遷騰挪土地轉讓，可以享受免稅的優惠，這樣政府給予的補償不會因為繳納稅款減少而不足以完成搬遷。但是仔細一看，不確定性陡然增加，因為免稅的條件是納稅人自行轉讓“原房地產”，這個原房地產怎么理解？是協議出讓變性前為原房地產？還是由于土地使用權、地上建筑沒變為原房地產？顯然爭議還是存在。

再次，契稅的問題。契稅原本比較簡單，但是隨著土地出讓方式的多樣化，問題也就越來越多。根據《契稅條例》及實施細則規定，契稅的計稅依據，屬于國有土地使用權出讓的，為成交價格。成交價格明顯低于市場價格并且無正當理由的，由征收機關參照市場價格核定。

應納稅額等于契稅計稅依據乘適用稅率。應納稅額的多少取決于計稅依據的多少。關于成交價格，《契稅暫行條例細則》第九條明確：條例所稱成交價格，是指土地、房屋權屬轉移合同確定的價格。包括承受者應交付的貨幣、實物、無形資產或者其他經濟利益。顯然在這個規定中，沒有特別明確納稅人（承受著）應交付利益的范圍，是僅僅指合同的當事人還是也包括支付給第三方的經濟利益。由此，2003年財政部、國家稅務總局聯合下發《關于國有土地使用權出讓等有關契稅問題的通知》（財稅[2004]134號），對出讓國有土地使用權的契稅計稅依據進行了明確，計稅價格為承受人為取得該土地使用權而支付的全部經濟利益。其中以協議方式取得土地使用權的，其契稅計稅價格為成交價格。成交價格包括土地出讓金、土地補償費、安置補助費、地上附著物和青苗補償費、拆遷補償費、市政建設配套費等承受者應支付的貨幣、實物、無形資產及其他經濟利益。

也就是說，協議出讓土地的，出讓協議約定的土地成交價格不一定就是契稅的計稅依據，還應包括支付給第三方的若干支出。我們再看一下競價出讓契稅的計稅依據規定：以競價方式出讓的，其契稅計稅價格，一般應確定為競價的成交價格，土地出讓金、市政建設配套費以及各種補償費用應包括在內?？梢岳斫鉃楦們r出讓，成交價格僅為支付給出讓人的地價款，這個成交價包含了出讓金、市政建設配套費以及各種補償費用。之所以這么規定可能是競價出讓的是“凈地”。

由此，我們猜想立法者的意圖是不是為公平契稅計稅依據，保證協議出讓和競價出讓契稅依據保持一致，屬于協議出讓的，要將契稅計稅依據還原為競價出讓的狀態，也就是“凈地”價格。也就是說，協議出讓的契稅計稅依據為合同約定的成交價，包括土地出讓金、土地補償費、安置補助費、地上附著物和青苗補償費、拆遷補償費、市政建設配套費等。

如果以上猜想或者假設成立，那么通過協議出讓取得土地使用權，然后投資進行開發，協議價格明顯要低于“凈地”的公開招、拍、掛的價格，由此“生地”變為“熟地”過程中所發生的前述各項成本支出是否也應計入契稅計稅依據計算契稅呢？

最后，房產稅問題。這里所說的房產稅問題，是指通過協議出讓方式取得土地使用權，原屬性土地上繳納房產稅的房屋，房產稅計稅依據及繳納問題。

分析主要的協議出讓土地使用權，實質是政府收回原土地使用權，然后再通過協議出讓方式出讓給原土地使用權所有人，土地用途當然也就發生了變化。在這個過程中，原土地上房屋因屬性變更要注銷產權，相對于土地變性后的用途，房產也就失去了作為資產的功能。也就是說不存在使用價值，反而成了或有的負債，在這種產權注銷、處在待拆除狀態下的房產，是否繼續繳納房產稅呢？

以上四個問題，在一定程度上影響著開發土地的轉讓收益，關系著轉讓雙方的利益和稅務機關的執法風險。

以上所述，涉及四個稅種五個問題，對協議出讓土地開發后轉讓乃至企業政策性搬遷都有非常重大的影響。

筆者認為，公平是稅收的靈魂，沒有公平的稅收不能稱其為稅。所謂公平，就是納稅人的同一行為不因程度不同而給予不同的稅收待遇。比如土地開發和土地開發在建造房產，都是開發行為，只是程度不同；公平還體現在相同屬性的收入應該享受同等的稅收政策。比如政府收回土地給予的補償和自行轉讓土地取得的收入，自行轉讓收入是政府收回補償收入屬性都是搬遷的補償方式。

基于稅收的公平原則，建議處理轉讓開發土地相應的稅務問題如下：

一是應明確轉讓開發的土地，增值稅銷項稅計算其相應支付的地價款（出讓金）可以扣減銷售額。對協議出讓土地進行開發，使其達到建造房產的程度，和繼續開發建造房產，業務性質相同，只是開發程度不同，未在經過開發的土地上繼續建造房產銷售、建造房產未完工銷售及建造完工銷售，只是程度不同。根據現行規定，建造未完工銷售和完工銷售應稅銷售額都可以按照銷售面積分攤的土地價款（出讓金和拆遷補償），但是銷售開發的土地卻不能，這顯然與稅收公平相悖。在一般計稅方法下，三種開發程度轉讓都應繳納增值稅，第一種計算銷售轉讓的增值稅，只能抵扣土地開發過程中的外購項目的進項稅；第二種如果未完工面積全部銷售，首先銷項稅額按照銷售額抵減取得土地的價款后的余額計算，其次可以抵扣開發過程中的進項稅；第三種情況與第二種一樣，首先銷項稅按照銷售額扣減銷售面積對應的取得土地的價款后計算，再抵扣開發過程的進項稅。由此可見，轉讓開發的土地稅負要高于其他情況，顯然有失公平，建議明確銷售開發的土地使用權，其應稅銷售額可以扣除受讓土地時向政府部門支付的土地價款。

二是嚴格按照《土地增值稅條例》及實施細則規定執行，轉讓開發土地，只要進行了實質性的開發，都應按照稅法規定的基數計算加計扣除金額，明確廢止《宣傳提綱》與稅法規定不符的內容。同時，明確以政府主導的政策性搬遷，原址土地轉讓還是變性開發后轉讓，其增值部分均視為政府給予的搬遷補償，一律免征土地增值稅。

三是土地開發成本的契稅問題，應該說本不是問題。契稅條例、細則規定的非常清楚，國有土地使用權出讓、土地使用權出售、房屋買賣，契稅的計稅依據為成交價格；成交價格，是指土地、房屋權屬轉移合同確定的價格。如果將開發成本也加入其中，純屬望文生義，曲解稅法，破壞計稅依據法定的基本原則。

四是關于房產稅。房產稅是財產稅，以擁有該財產作為納稅義務的標志。財產應該是納稅人擁有的財富，當這個財產不具有財富的功能，也就不應承擔納稅義務。據此我們認為，協議出讓土地上房屋建筑物等繳納房產稅的房屋，如果在變性后產權注銷，同時已不再發揮原來的作用，也就是不再使用，處于待拆除狀態，納稅義務應該停止，如果尚在繼續使用，發揮其作為房屋的使用功能，則雖然產權注銷，仍應繳納房產稅。

以上意見只是一家之言，如若實際執行還需要和稅務機關溝通一致。